故事主要為西毒(梁朝偉 飾)與金輪國王妃(葉玉卿 飾)有染,二人密謀殺國王取玉璽以霸江山。西毒乘火箭金靴追趕保管玉璽的三公主(林青霞 飾),不料一隻靴子脫落砸死了王重陽(鐘鎮濤 飾)。王臨死時托三公主找師弟周伯通(劉嘉玲 飾)報仇,三公主與東邪黃藥師(張國榮 飾)去取“九陰真經”,以復國報仇。因遭小師妹(王祖賢 飾)妒忌而未能如願,再加上前來尋找表妹的洪七(張學友 飾),於是去找段王爺。周伯通以為是三公主殺死師兄王重陽,欲殺三公主,被東邪和段王爺制服,收為下人。而羅漢托世的段王爺(梁家輝 飾)須找得真心人才能成仙,他發現東邪正是尋覓已久的真心人,乃假扮三公主,引東邪說出“我愛你”,自己於是成仙。
另一方面國師,制服了皇妃,欲到中原找公主復國,但西毒機緣巧合已練成九陰真經,將公主帶走,眾人追至波斯國欲殺西毒而不果,最後成仙的段王爺從天而降把西毒收服。