今年秋天,只有在劇場版才看得到的原創故事,還有每天3年E班和殺老師一起度過的喜怒哀樂,以及畢業前夕下定決心的告別,都將再次活躍於大螢幕上。劇情描述史上最危險的超生物「殺老師」,既炸完月球後又想炸掉地球,以不明目的擔任起椚丘中學 3 年 E 班的導師。擁有超人類智慧的「殺老師」,連軍隊也動不了他一根汗毛,於是各國首腦配送特製武器,附以高酬勞委託放牛班學生們在一年內殺掉他!
同學們個個想盡辦法使出渾身解數要暗殺老師阻止地球毀滅,接受了各種訓練,逐漸與同伴培養出深厚友誼,不僅對自己產生信心,也和「殺老師」有了特別的情感,更發現了「殺老師」的秘密,他們能否趕在畢業前,成功執行「殺老師」的暗殺任務呢……?