劇情介紹
神奇寶貝的第十六部電影版、超級願望系列的第三部、同時也是該系列最後一部電影版。在電影院上映的時候，第25部短篇作品《皮卡丘與伊布☆好朋友》將聯合播映，兩部片總片長為100分鐘。

大城市「紐特市」設立有專門給神奇寶貝居住的設施「神奇寶貝山莊」，預定的完工時間即將到來。小智和皮卡丘一行人來到神奇寶貝山莊門口，一隻紅色的神奇寶貝「赤紅蓋諾賽克特」以及其他蓋諾賽克特們卻忽然現身。

原來，電漿團從3億年前的化石中改造基因讓神奇寶貝復活。可是這些失去故鄉的神奇寶貝們在無處可去之餘，把他們所看到的東西通通視為敵人，加以攻擊、破壞……。就在小智一行人即將遭到攻擊的時候，傳說中的神奇寶貝「超夢」竟在此時忽然現身，保護了小智他們……。