劇情介紹
西元1954年，經由水爆實驗誕生的魔獸哥吉拉在首都東京現身，造成大規模的破壞，因此日本政府決定遷都大阪。1966年，哥吉拉再度現身攻擊東海村核能發電廠，日本政府決定永久放棄核能發電，致力開發乾淨且不會吸引哥吉拉的「漿動力發電」。三十年過去，哥吉拉在大阪登陸再次造成破壞，漿動力發電廠受損，由宮川隊長率領的自衛隊也全員陣亡，只剩過森桐子和奧村知治兩名隊員存活。

現在，2001年，日本政府防衛廳設立G對策本部，計畫實行經由微黑洞把哥吉拉送進另一度空間的「Ｇ消滅作戰」，工藤和吉澤乃佳也受命全力進行。此時，另一隻怪獸蝶龍也出現了，在兩大巨獸的夾擊下，「Ｇ消滅作戰」是否能順利完成呢？