宇宙世紀0079年,距離地球最遙遠的宇宙殖民地:SIDE-3以吉翁公國之名,向地球聯邦政府發起了戰爭。
居住在SIDE-7的少年:阿姆羅‧雷,在吉翁軍的偵察任務中,偶然啟動了MS「RX-78-2 鋼彈」,並擊毀兩台MS「MS-06F 薩 克」。之後阿姆羅和難民們搭上了聯邦軍新開發的宇宙戰艦「白色基地」,一邊躲避吉翁軍的追擊,一邊繼續著旅程。
在紅色彗星-夏亞‧阿茲納布爾的攻擊下,許多人失去了生命。
但只要還活著,阿姆羅就必須駕駛鋼彈不斷的戰鬥下去...
不朽科幻名作-機動戰士鋼彈:第1部劇場版,本作為TV版第1話-13話的內容加以改編,除了更動部分情節之外,一部份的畫面以1980年代前期重新繪製,給予鋼彈影迷嶄新的視覺享受。