白色基地帶著眾人的信念飛向宇宙。潛在的新人類能力已覺醒的阿姆羅,駕駛鋼彈一次次地擊潰功來的吉翁軍,立下了驚人的戰果。
與命運中的少女:拉拉‧遜搭乘的MA-艾爾美斯交戰時,阿姆羅的精神與她產生了強烈共鳴。但是那場戰鬥的結果卻導致了無法挽回的悲劇。
在聯邦與吉翁的決戰-阿‧巴瓦‧庫-攻防戰中,阿姆羅與夏亞展開了最後的對峙,兩人的決戰走向又會是如何?人類的革新有機會嗎?越過無盡的失落感,阿姆羅的歸處將是何處?
不朽科幻名作-機動戰士鋼彈:第三部劇場版,本作為TV版第31話-43話的內容加以改編,除了更動部分情節之外,㇐部份的畫面以1980年代前期重新繪製,給予鋼彈影迷嶄新的視覺享受。