時至西元2034年,草薙離開公安九課之後的兩年,德古沙成為隊伍的新領導者,隊伍也陸續加入生力軍。擴編後的公安九課,遭遇前所未有的連環犯罪事件,當他們追查一起恐怖份子的連續自殺事件時,發現事情竟與微機械病毒遭竊事件有關聯,而兒童誘拐事件不斷發生,事件背後似乎存在一名神秘強大的駭客「傀儡師」在操縱這一切。
一連串的追查讓整個公安九課陷入混亂,巴特開始懷疑傀儡師和草薙身份的關聯性,沒想到傀儡師打算拿德古沙來當作下一個犧牲對象,只留下神秘的關鍵字「Solid State Society」。到底傀儡師的真實身分是誰?這場完美犯罪的主使者又是誰?秘密真相到底是什麼?
四年前所構築的未來社會,竟只剩下高齡爆炸人口、孩童綁架、記憶控制、網路犯罪與連環自殺、恐怖的生化攻擊...
本片呈現前所未有的全新3D影像技術,打造新穎動漫國度,巔覆感官視覺想像!